過去には養殖魚が食べ残した餌が海を汚すことが問題になったことがありました。今では配合飼料も普及、餌も変化しました。１９９９年には「持続的養殖生産確保法」も施行され、養殖業者自らの取り組みによって富栄養化を防ぐ取り組みも始まっています。